Sul fondo della cappella, sopra l'altare, si ammira un affresco del 1400 di scuola Giottesca attribuito al Maestro di Narni del 1409 che rappresenta, a destra, la Natività di Betlemme e, a sinistra, il Presepe di Greccio. Questo luogo merita una sosta silenziosa e raccolta, intensa e colma di pace. Percorrendo poi uno stretto corridoio, si arriva ai luoghi abitati dal Santo e dai primi frati: il Refettorio innanzitutto, dove si vedono ancora un piccolo lavatoio, una parte del primitivo pavimento e un caminetto restaurato. Vicino all'apertura che porta al primitivo dormitorio due affreschi del XVI° sec. Attraverso il lungo corridoio dove si affacciano le cellette in cui dormivano i frati, si arriva in quella dove sulla nuda roccia, dormiva il Santo. Tutto ci parla della semplicità e della povertà in cui i frati vivevano e di come mettevano in pratica la regola dell'ordine.
Tommaso da Celano, biografo del Santo, ci informa che "nei giacigli e nei letti era così in onore la povertà, che chi aveva poveri panni distesi sulla paglia credeva di essere su un letto sontuoso" Fu in questa celletta che il Santo una notte non riuscì a dormire, per aver usato, su invito di Giovanni Velita, Signore di Greccio, un cuscino di piume, in luogo del guanciale di pietra. Tornando indietro e avviandosi per salire al piano superiore, si incontra la minuscola cantina di San Francesco e il pulpito di San Bernardino da Siena posto davanti all'antro dove un tempo venivano seppelliti i frati.
Per una stretta scala, si giunge nel Dormitorio detto di San Bonaventura, del XIII°sec. costruito sopra i primitivi abitacoli. Le cellette, quindici per l'esattezza, sono disposte lungo un corridoio e nella prima attualmente aperta, secondo la tradizione avrebbero dimorato San Berardino da Siena, San Bonaventura da Bagnoregio, ministro dell'ordine (1257-1274), San Leonardo da Porto Maurizio. Si incontra quindi un coro del XVII° secolo che conserva un leggio con un antico corale, un crocifisso ligneo del XVIII secolo; due piccoli quadri in rame del secolo scorso e un'immagine dell'addolorata del XVII secolo della scuola del Sassoferrato.
Attraverso il coro, entriamo nella prima chiesa dedicata a San Francesco dopo la sua canonizzazione avvenuta nel 1228, a soli due anni dalla morte. Tommaso da Celano, ci informa: "ora quel luogo è stato consacrato al Signore e vi è stato costruito sopra un altare in onore di San Francesco e dedicatagli una chiesa". Restiamo colpiti dall'atmosfera molto raccolta, che ci riporta alla semplicità delle origini francescane. Si può notare il primitivo coro dei frati, con la struttura lignea che li separava dal popolo. Sopra gli stalli, le originali attrezzature per il servizio corale, consistenti in due aste di legno girevoli per sostenere il libro e la lanterna.
Nella cappella laterale a fianco della piccola chiesa si conserva in copia moderna un ritratto di San Francesco sofferente che si asciuga gli occhi, commissionato da Jacopa dei Settesoli qualche tempo prima della morte del Santo. L'originale è andato perduto, mentre la copia attuale risale al XIV secolo. San Francesco è colto nell'atto di asciugarsi gli occhi a ragione della grave infezione agli occhi che lo affliggeva. Esterno al santuario si trova la cella solitaria di San Francesco e la grotta dove visse per 32 anni, il Beato Giovanni da Parma, settimo ministro generale dell'ordine. Nel piazzale adagiata con un fianco alla roccia troviamo la chiesa moderna costruita agli inizi degli anni sessanta e dedicata a San Francesco e alla Vergine Immacolata. All'interno, due presepi: uno ligneo ed uno in terracotta e nel ballatoio sopraelevato una mostra permanente di presepi.
Nel lasciare il Santuario del Presepio ascoltiamo l'antico biografo: "Si onora ivi la semplicità, si esalta la povertà, si loda l'umiltà e Greccio si trasforma in una nuova Betlemme".